Popisi župa tadašnje Zagrebačke biskupije iz 1334. i 1501. godine svjedoče o tome da Kneginec tada još nije postojao kao župa, a nije se spominjao kao takav ni cijelo 16. stoljeće. Kada 1649. godine zagrebački kanonik pohodi župu Biškupec navraća ujedno i u kapelu blažene Marije Magdalene u Knegincu Gornjem jer je selo Kneginec filijala župe bl. Djevice Marije u Biškupcu, što znači da je župnik iz Biškupca bio odgovoran za dušobrižništvo stanovnika Gornjeg Kneginca. Postojala je, dakle, kapela, ali samostalna župa u to doba još nije bila formirana.

Tek nakon provedene crkvene regulacije Zagrebačke biskupije 1789. godine novonastali Varaždinski arhiđakonat donosi popis svog područja u kojem se spominje Kneginec, odnosno župa sv. Marije Magdalene kao novoosnovana župa.  U navedenom popisu spominje se da župa tada ima, pribrojimo li joj dane filijale Donji Kneginec, Lužan i Koradovicu te brđane i vinogradare oko 1118 duša. Kao razlog osnivanja nove župe u « Pregledu župa zagrebačke biskupije « navodi se prevelika udaljenost od Biškupca i želja da se vjernicima omogući lakše provođenje vjerskog života. No, kako je Kneginec od davnina bio povezan s gradom Varaždinom, župa se do 1946. stavlja  pod materijalnu brigu varaždinske gradske uprave.

19. rujna 1789. godine u Knegincu je ustoličen prvi župnik Ivan Mauricije Končić i taj datum može se slobodno smatrati početkom djelovanja ove župe.

U to vrijeme župnik Končić imao je samo crkvu osrednje veličine, a sam je stanovao u prizemnoj prostoriji danas glasovite kneginečke kule «…punih 7 godina i 10 mjeseci dok se nije krenulo na izgradnju župne kuće …»

Iako je preuzeo brigu oko materijalnih potreba nove župe, grad se Varaždin tek nakon 6 godina, tj. 1796. odlučuje pokrenuti gradnju župne kuće na čelu čega je ipak stajao, kako nam izvori svjedoče, vrstan i za svoju župu nadasve zauzet župnik Končić. Dovršivši započetu izgradnju uz pomoć svojih župljana, župnik dalje kreće na obnovu i proširenje crkve već 1800. godine.

Ni nasljednih godina, pa sve do dana današnjih ne prestaje briga župljana i svojevremenih župnika oko crkvene obnove i duhovnog života župe. Može se samo sa ponosom naglasiti da je rast kneginečke župne zajednice na svakom koraku kroz godine uznapredovao i postao više nego očit.

No, vratimo se još nakratko u prošlost, spomenutim filijalama koje su Knegincu kao župi pribrojene u početku, a koje uz neke promjene postoje i danas. Od godine 1649. porast broja stanovnika ne bilježi samo Kneginec Gornji, već i okolna područja tzv. « kćerke « (filiae) župe Kneginec.

Naselje Donji Kneginec kao jedna od njih smjestilo se podno Gornjeg Kneginca sjeverno od ceste koja vodi prema Jalžabetu i Varaždinskim Toplicama, najveća je filijala župe čija je kapela sagrađena u čast Srca Isusova 1940. godine. 

Nakon Donjeg Kneginca po veličini se ističe Lužan i Koradovica.

U Lužanu, smještenom u južnom dijelu župnog područja ,dugo je postojao samo tzv. mali «poklonac», tj. «pilj», a nedaleko od njega danas se nalazi i kapela Svetog Križa.

U župi osim crkve i navedenih kapela postoji još nekoliko sakralnih objekata koji se ne smiju izostaviti.  Na Haliću, području između Banjšćine i Dugog Vrha nalazi se kapela Presvetog Trojstva sagrađena i blagoslovljena 1870. godine.

Na raskrižju putova gdje Mali prelazi u Dugi Vrh, nalazi se kameni pil Žalosne Gospe koja je u narodu poznatija kao «Sveta Jana».

U Šmičkovcu, malom zaseoku u sklopu Kneginca Gornjeg 1923. godine sagrađena je kapelica Sv. Ivana Nepomuka, a na križanju putova  prema Knegincu Gornjem nalazi se i kip istoimenog sveca.

Razvijajući se tako od osnutka do današnjih dana, župa je urodila plodom i na području duhovnih, točnije svećeničkih zvanja.

Tako su svećenicima s područja  kneginečke župe postali Ivan Ðuranec, Martin Ðuranec, Ignacije Keretić, o. Pankrecije Vupora, Franjo o. Ciprijan Vupora, Stjepan Besak, Ivan Čavlek te Ivica Bogdanović.  Ne smije se izostaviti i mogućnost, a i nada da će broj duhovnih zvanja rasti i u budućnosti ove župe.

Važno je spomenuti i svećenike koji su kao župnici vodili župu od početaka njenog postojanja. Nakon prvog župnika Ivana Mauricija Končića službu župnika u župi obavljaju sljedeći svećenici : Ivan Benetić, Leopold Černohorsky, Ignacije Šantek, Ivan Kobbe, Emerik Andrašević, Aleksandar Mlinarić, Franjo Ðurina, Mirko Novak, Rudolf Gabršak, Julije Kriško, Stjepan Prizl, Zvonimir Rabuzin, te Krunoslav Novak.

Čim se počela razvijati, u župi su se Kneginec rodili mnogi običaji i «obveze» župljana, a mnogi se o njih njeguju i danas. Evo ukratko kako je to otprilike izgledalo nekad.

Novoosnovana župa imala je dva godišnja proštenja na koja su dolazili župnici iz Biškupca i Svetog Ilije – jedno na blagdan Svete Marije Magdalene, 22. srpnja drugo na blagdan  Svetog Josipa, 19. ožujka, zbog u crkvi sporednog oltara Svetog Josipa i stoga jer je tog dana bila nekad korizmena ispovijed po starom običaju. Prema dogovoru između susjednih župnika, osim što su međusobno uzvraćali posjete na takve blagdane važno je reći da je 1815. godine dogovoreno da na blagdan Tijelova vjernici iz Kneginca sa svojim župnikom hodočaste u procesiji u Biškupec, a vjernici iz Biškupca u nedjelju iza Tijelova u procesiji dolaze na čašćenje Presvete Euharistije  u Kneginec.